运输发票税率6%和9%的区别如下：

1、税率不同

一个是6%，一个是9%。

2、对象不同

一般纳税人提供物流辅助服务，其运输发票税率是6%;

物流辅助服务包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、货物运输代理服务、代理报关服务、仓储服务和装卸搬运服务的运输发票税率是9%。

运输发票税率6%和9%区别如下：

1、9%的税率包括交通运输服务，如陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务、管道运输服务、无运输工具承运业务。和邮政服务如邮政普通服务、邮政特殊服务、其他邮政服务;

2、6%的税率包括运输发票涉及到现代服务如物流辅助服务。

运输发票的税率一般为9%，如果涉及到服务业，就会出现6%的税率。